Nghị định này gồm có 6 chương 43 Điều quy định về xây dựng Khu kinh tế – quốc phòng; tổ chức và quản lý hoạt động của Đoàn kinh tế – quốc phòng; cơ chế đầu tư, tài chính và chính sách đối với các đối tượng tham gia xây dựng Khu kinh tế – quốc phòng; trách nhiệm của các cơ quan, tổ chức trong xây dựng và quản lý Khu kinh tế – quốc phòng.
Mục tiêu nhằm củng cố quốc phòng, an ninh trên địa bàn chiến lược, biên giới, biển, đảo hình thành thế trận quốc phòng toàn dân gắn với thế trận an ninh nhân dân, tạo vành đai vững chắc thực hiện nhiệm vụ bảo vệ Tổ quốc. Tổ chức bố trí, sắp xếp dân cư tại khu vực biên giới, biển, đảo có vị trí trọng yếu về quốc phòng, an ninh trong thế trận khu vực phòng thủ, hình thành các cụm, bản, làng, xã. Phát triển kinh tế – xã hội gắn với củng cố quốc phòng, an ninh trong Khu kinh tế – quốc phòng để từng bước cải thiện nâng cao đời sống vật chất, tinh thần của nhân dân.
Nghị định nêu rõ nhiệm vụ xây dựng Khu kinh tế – quốc phòng gồm: Xây dựng địa bàn vững mạnh về quốc phòng, an ninh; ổn định phát triển kinh tế – xã hội; xây dựng thế trận phòng thủ trên các địa bàn chiến lược làm cơ sở vững chắc cho nhân dân, các lực lượng khác tham gia phát triển kinh tế – xã hội trên tuyến biên giới đất liền, biển, vùng biển và hải đảo.
Phối hợp với cấp ủy, chính quyền địa phương xây dựng cơ sở hạ tầng thiết yếu để nhân dân ổn định sản xuất, đảm bảo an sinh xã hội; tổ chức, bố trí sắp xếp các điểm dân cư, định canh, định cư trên địa bàn biên giới, các đảo, quần đảo xa bờ bảo đảm mục tiêu giảm nghèo bền vững và ổn định quốc phòng, an ninh.
Xây dựng các mô hình khuyến nông, khuyến lâm, khuyến ngư, khuyến công và hỗ trợ phát triển sản xuất tạo yếu tố ban đầu cho phát triển kinh tế hàng hóa, dịch vụ; tổ chức dịch vụ cung ứng vật tư, tiêu thụ sản phẩm (dịch vụ hai đầu); chuyển giao công nghệ sản xuất cho nhân dân; tổ chức sản xuất khai thác hiệu quả đất đai đối với những địa bàn biên giới, hải đảo, vùng sâu vùng xa, vùng đặc biệt khó khăn có vai trò quan trọng về quốc phòng, an ninh. Xây dựng cơ sở kinh tế ở những vùng biển, đảo khó khăn làm cầu nối giữa đất liền và đảo, quần đảo; tổ chức các hoạt động dịch vụ trên biển hỗ trợ ngư dân bám biển sản xuất để tăng cường hoạt động dân sự trên các vùng biển, đảo khẳng định chủ quyền, quyền chủ quyền và tài phán trên biển.
Tuyên truyền, vận động nhân dân nắm vững, thực hiện tốt đường lối, chủ trương của Đảng, chính sách và pháp luật của Nhà nước; đấu tranh phòng, chống các thủ đoạn tuyên truyền, xuyên tạc, kích động của các thế lực thù địch và các hoạt động truyền đạo trái pháp luật; đưa phát thanh, truyền hình, văn hóa, y tế về cơ sở; tạo điều kiện cho con em đồng bào thiểu số được đến trường; chăm sóc y tế cho nhân dân; bồi dưỡng, đào tạo đội ngũ cán bộ cho địa phương; phục hồi bảo tồn và phát triển văn hóa truyền thống của các dân tộc thiểu số trên địa bàn.
Phối hợp với các lực lượng trên địa bàn xây dựng thế trận quốc phòng toàn dân gắn với thế trận an ninh nhân dân; tham gia tìm kiếm cứu hộ, cứu nạn, phòng, chống, khắc phục hậu quả thảm họa, sự cố, thiên tai, dịch bệnh, giữ gìn an ninh, chính trị, trật tự an toàn xã hội vùng biên giới, biển, đảo của Tổ quốc.
Nghị định số 44/2009/NĐ-CP ngày 07 tháng 5 năm 2009 của Chính phủ về xây dựng Khu kinh tế – quốc phòng; khoản 1 Điều 8 Nghị định số 164/2018/NĐ-CP ngày 21 tháng 12 năm 2018 của Chính phủ về kết hợp quốc phòng với kinh tế – xã hội và kinh tế – xã hội với quốc phòng; Quyết định số 83/2010/QĐ-TTg ngày 15 tháng 12 năm 2010 của Thủ tướng Chính phủ về việc ban hành cơ chế, chính sách tài chính đối với Khu kinh tế – quốc phòng; Thông tư liên tịch số 246/2010/TTLT-BQP-BKH ngày 23 tháng 12 năm 2010 của Bộ Quốc phòng, Bộ Kế hoạch và Đầu tư hướng dẫn thực hiện một số quy định của Nghị định số 44/2009/NĐ-CP ngày 07 tháng 5 năm 2009 của Chính phủ về xây dựng Khu kinh tế – quốc phòng; Quyết định số 133/2004/QĐ-BQP ngày 21 tháng 9 năm 2004 của Bộ trưởng Bộ Quốc phòng ban hành Quy chế hoạt động của Đoàn kinh tế – quốc phòng hết hiệu lực thi hành kể từ ngày Nghị định này có hiệu lực thi hành.